MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Helicobacter pylori HPAG1 plasmid pHPAG1

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008087	CTT	2	6	29	34	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008087	CTT	2	6	51	56	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008087	CTT	2	6	73	78	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008087	ATAAC	2	10	86	95	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008087	ATT	2	6	116	121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008087	AAC	2	6	141	146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008087	GTGG	2	8	233	240	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008087	AGG	2	6	250	255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008087	TAG	2	6	278	283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008087	TAA	2	6	335	340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008087	CTT	2	6	361	366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008087	TTA	2	6	383	388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008087	ATT	2	6	483	488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564599
14	NC_008087	AGA	2	6	489	494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
15	NC_008087	AC	3	6	500	505	50 %	0 %	0 %	50 %	108564599
16	NC_008087	ACAAAA	2	12	531	542	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564599
17	NC_008087	GAAAAA	2	12	637	648	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	108564599
18	NC_008087	CAA	2	6	656	661	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
19	NC_008087	AACC	2	8	672	679	50 %	0 %	0 %	50 %	108564599
20	NC_008087	ACC	2	6	730	735	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	108564599
21	NC_008087	TAA	2	6	750	755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564599
22	NC_008087	ATT	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564599
23	NC_008087	CTTG	2	8	927	934	0 %	50 %	25 %	25 %	108564599
24	NC_008087	ACA	2	6	935	940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
25	NC_008087	AG	3	6	967	972	50 %	0 %	50 %	0 %	108564599
26	NC_008087	TACT	2	8	1102	1109	25 %	50 %	0 %	25 %	108564599
27	NC_008087	CAA	2	6	1110	1115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
28	NC_008087	AG	3	6	1255	1260	50 %	0 %	50 %	0 %	108564599
29	NC_008087	A	6	6	1369	1374	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
30	NC_008087	AAC	2	6	1427	1432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
31	NC_008087	AAACAA	2	12	1453	1464	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564599
32	NC_008087	TTGAA	2	10	1568	1577	40 %	40 %	20 %	0 %	108564599
33	NC_008087	ACA	2	6	1634	1639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
34	NC_008087	A	7	7	1649	1655	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
35	NC_008087	AGCA	2	8	1687	1694	50 %	0 %	25 %	25 %	108564599
36	NC_008087	CAA	2	6	1719	1724	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
37	NC_008087	TGTT	2	8	1745	1752	0 %	75 %	25 %	0 %	108564599
38	NC_008087	A	6	6	1768	1773	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
39	NC_008087	AGA	2	6	1785	1790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
40	NC_008087	ACGA	2	8	1819	1826	50 %	0 %	25 %	25 %	108564599
41	NC_008087	GAA	2	6	1843	1848	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
42	NC_008087	ATGC	2	8	2073	2080	25 %	25 %	25 %	25 %	108564600
43	NC_008087	GAAA	2	8	2110	2117	75 %	0 %	25 %	0 %	108564600
44	NC_008087	CAAAT	2	10	2152	2161	60 %	20 %	0 %	20 %	108564600
45	NC_008087	A	7	7	2249	2255	100 %	0 %	0 %	0 %	108564600
46	NC_008087	TGA	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564600
47	NC_008087	ATCA	2	8	2290	2297	50 %	25 %	0 %	25 %	108564600
48	NC_008087	TTGA	2	8	2317	2324	25 %	50 %	25 %	0 %	108564600
49	NC_008087	TGA	2	6	2394	2399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564600
50	NC_008087	TGG	2	6	2406	2411	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108564600
51	NC_008087	A	6	6	2416	2421	100 %	0 %	0 %	0 %	108564600
52	NC_008087	CAA	2	6	2450	2455	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564600
53	NC_008087	CAT	2	6	2532	2537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
54	NC_008087	TCA	2	6	2645	2650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
55	NC_008087	TAC	2	6	2674	2679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
56	NC_008087	ACA	2	6	2699	2704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564600
57	NC_008087	T	6	6	2811	2816	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008087	TAGT	2	8	2831	2838	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008087	T	6	6	2842	2847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008087	GTTG	2	8	2855	2862	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008087	A	6	6	2892	2897	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008087	A	7	7	2920	2926	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008087	C	6	6	2935	2940	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
64	NC_008087	AGCG	2	8	3033	3040	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008087	TTTG	2	8	3072	3079	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008087	CAA	2	6	3095	3100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008087	A	6	6	3215	3220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008087	ACTAAA	2	12	3223	3234	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008087	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008087	TTA	2	6	3270	3275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008087	AAC	2	6	3284	3289	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008087	TGT	2	6	3292	3297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008087	GC	4	8	3317	3324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008087	ACC	2	6	3347	3352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_008087	CTT	2	6	3408	3413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008087	CTT	2	6	3430	3435	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008087	CTT	2	6	3452	3457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008087	CTT	2	6	3474	3479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008087	GGA	2	6	3631	3636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008087	AG	3	6	3638	3643	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008087	AGG	2	6	3658	3663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008087	TAT	2	6	3680	3685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008087	TTA	2	6	3735	3740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008087	TAT	2	6	3802	3807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008087	TA	3	6	3822	3827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008087	ATCA	2	8	3838	3845	50 %	25 %	0 %	25 %	108564601
87	NC_008087	AAGAA	2	10	3941	3950	80 %	0 %	20 %	0 %	108564601
88	NC_008087	CAA	2	6	3958	3963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
89	NC_008087	CAA	2	6	4043	4048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
90	NC_008087	TAA	2	6	4052	4057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564601
91	NC_008087	GTT	2	6	4212	4217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564601
92	NC_008087	GAAACT	2	12	4266	4277	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	108564601
93	NC_008087	ATTGA	2	10	4320	4329	40 %	40 %	20 %	0 %	108564601
94	NC_008087	TACT	2	8	4386	4393	25 %	50 %	0 %	25 %	108564601
95	NC_008087	CAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
96	NC_008087	CTT	2	6	4420	4425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564601
97	NC_008087	A	6	6	4650	4655	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
98	NC_008087	AAC	2	6	4708	4713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
99	NC_008087	AAACAA	2	12	4734	4745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564601
100	NC_008087	TTGAA	2	10	4849	4858	40 %	40 %	20 %	0 %	108564601
101	NC_008087	ACA	2	6	4915	4920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
102	NC_008087	A	7	7	4930	4936	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
103	NC_008087	AGCA	2	8	4968	4975	50 %	0 %	25 %	25 %	108564601
104	NC_008087	CAA	2	6	5000	5005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
105	NC_008087	TGTT	2	8	5026	5033	0 %	75 %	25 %	0 %	108564601
106	NC_008087	A	6	6	5049	5054	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
107	NC_008087	AGA	2	6	5066	5071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564601
108	NC_008087	ACGA	2	8	5100	5107	50 %	0 %	25 %	25 %	108564601
109	NC_008087	GAA	2	6	5124	5129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564601
110	NC_008087	A	8	8	5420	5427	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008087	TC	3	6	5465	5470	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
112	NC_008087	T	6	6	5479	5484	0 %	100 %	0 %	0 %	108564602
113	NC_008087	TGT	2	6	5516	5521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
114	NC_008087	CT	3	6	5534	5539	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
115	NC_008087	AAG	2	6	5586	5591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564602
116	NC_008087	CTTG	2	8	5688	5695	0 %	50 %	25 %	25 %	108564602
117	NC_008087	GTT	2	6	5699	5704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
118	NC_008087	TTTGA	2	10	5764	5773	20 %	60 %	20 %	0 %	108564602
119	NC_008087	TTG	2	6	5788	5793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
120	NC_008087	TTTC	2	8	5838	5845	0 %	75 %	0 %	25 %	108564602
121	NC_008087	TAA	2	6	5914	5919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564602
122	NC_008087	TGT	2	6	5922	5927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
123	NC_008087	CT	3	6	5951	5956	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
124	NC_008087	CTG	2	6	6015	6020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108564602
125	NC_008087	TAA	2	6	6040	6045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564602
126	NC_008087	GTA	2	6	6093	6098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
127	NC_008087	CTT	2	6	6129	6134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564602
128	NC_008087	TTGG	2	8	6204	6211	0 %	50 %	50 %	0 %	108564602
129	NC_008087	GTT	2	6	6232	6237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
130	NC_008087	CTT	2	6	6270	6275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564602
131	NC_008087	TCCTTG	2	12	6293	6304	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	108564602
132	NC_008087	ATG	2	6	6350	6355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
133	NC_008087	ATG	2	6	6365	6370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
134	NC_008087	TGT	2	6	6456	6461	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
135	NC_008087	TTG	2	6	6467	6472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
136	NC_008087	CT	3	6	6506	6511	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
137	NC_008087	TAG	2	6	6546	6551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
138	NC_008087	GTT	2	6	6553	6558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
139	NC_008087	ATT	2	6	6632	6637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564602
140	NC_008087	CT	3	6	6654	6659	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
141	NC_008087	CT	3	6	6683	6688	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
142	NC_008087	GTA	2	6	6719	6724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
143	NC_008087	A	6	6	6819	6824	100 %	0 %	0 %	0 %	108564602
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.